W roku 1454, na początku wojny trzynastoletniej stany warmińskie oraz kapituła przystąpili do Związku Pruskiego, wypowiadając tym samym posłuszeństwo Krzyżakom, którym wierności dochowywał biskup Kuhschmaltz. Jednak jego następca bp Paweł Legendorf, który początkowo wspierał zakon krzyżacki, w 1464 roku ostatecznie stanął po stronie polskiej. Dzięki temu, na mocy kończącego ten krwawy konflikt tzw. drugiego traktatu toruńskiego z 1466 roku dominium warmińskie znalazło się w granicach Korony. Otwierał się nowy, „polski” rozdział w jego dziejach.

Nie znaczy to jednak, że zostało doń wcielone. Jako Księstwo Warmińskie zachowało dużą autonomię, gwarantowaną przez polskiego monarchę.
Jednak już w 1467 roku król Kazimierz Jagiellończyk musiał tej „autonomii” bronić, gdy kapituła bez jego zgody powołała na tron biskupi Mikołaja Tungena, kolejnego stronnika Krzyżaków. Ten, przy wsparciu Zakonu zawładnął Warmią, skąd wygnał polskie załogi. Jednocześnie Krzyżacy zaatakowali Ziemię Chełmińską. W odpowiedzi Jagiellończyk w 1478 roku opanował zbrojnie biskupstwo w krótkiej, acz wyniszczającej księstwo kampanii zwanej wojną księżą lub popią. W jej efekcie wiosną 1479 roku bp Tungen wraz z wielkim mistrzem ukorzyli się przed polskim monarchą. Uzyskali przebaczenie w zamian za podpisy złożone na tzw. akcie piotrkowski (zwany pierwszym, w odróżnieniu od drugiego z roku 1512).
Potwierdzał on fakt inkorporacji Warmii do Korony, zaś samego biskupa ustanawiał królewskim radcą, obowiązanym do składania przysięgi majestatowi. Gdyby odmówił zaprzysiężenia wierności polskiemu monarsze – jego poddani mogli wypowiedzieć mu posłuszeństwo. Od tej pory ordynariuszem warmińskim musiała nadto zawsze zostawać osoba „miła królowi”.
Ten ostatni punkt traktatu zmodyfikowano raz jeszcze, w drugiej umowie z 1512 roku, aby usunąć różnice interpretacyjne między kapitułą, która nie wyrzekła się ambicji samodzielnej polityki, a polskim władcą. Kanonicy zostali wówczas zobowiązani do tego, aby po śmierci swego biskupa przedstawiać monarsze listę członków kapituły wraz z ich życiorysami. Z listy tej król wybierał czterech kandydatów do władzy w zaszczytnym (i dochodowym) księstwie warmińskim. W praktyce jego faworyt był wpisywany na pierwszym miejscu listy, zaś wysłannicy królewscy udawali się do siedziby kapituły – Fromborka, gdzie „pilnowali” kanoników, aby dokonali wybór kandydata „miłego” polskiemu władcy.
Te monarsze naciski na kapitułę nie były jednakże kaprysami władcy, ale wynikały z zapobiegliwości i stałej troski o to tak ważne dla Korony biskupstwo, bezpośrednio zagrożone przez zakusy Krzyżaków. Ci bowiem nie ustawali w próbach opanowania dominium. Dokonać tego starali się zarówno militarnie, jak i na drodze intryg, podburzając biskupów i kapitułę przeciw Polsce. Jeszcze niemal w „przeddzień” końca pruskiej linii Zakonu, podczas ostatniej wojny polsko-krzyżackiej w latach 1519-1521, biskup warmiński – Fabian Luzjański (praktycznie krzyżacki agent na tronie w Lidzbarku) usiłował zachować neutralność nie angażując się czynnie po stronie polskiej. Paktował nawet z wielkim mistrzem Albrechtem za plecami Zygmunta Starego i, wyjeżdżając na sejm królewski do Torunia, przyrzekał informować go „o wszystkim, cokolwiek złego dla Zakonu mogłoby zostać tam podjęte”.
Rzeczpospolita była jednak wówczas zbyt silna, aby biskup Warmii mógł długo zwlekać z opowiedzeniem się po jej stronie. I biskup Fabian poparł ostatecznie Zygmunta Starego, licząc że potęga króla szybko zakończy działania wojenne. Istotnie, nie trwały one długo – rozejm zawarty w maju 1521 roku trwał aż do sekularyzacji Zakonu w 1525 roku.

Za sprawą Ojca Świętego Piusa warmińska infuła biskupia trafiła na głowę jego stronnika i przyjaciela – Pawła Legendorfa (1415-1467 / od 1458). Podobnie jak kilku jego poprzedników i on miał umrzeć otruty przez agentów krzyżackich za działania na szkodę zakonu.
Początkowo był nawet stronnikiem Krzyżaków – po wybuchu wojny trzynastoletniej stanął po ich stronie. Jednak w 1464 roku zmienił front – uznał zakon za wrogi Warmii i złożył przysięgę wierności polskiemu królowi Kazimierzowi. Ta decyzja sprawiła, że dwa lata później był jednym z sygnatariuszy i gwarantów tzw. II pokoju toruńskiego. Na mocy jego zapisów biskupstwo włączone zostało do korony. Zdecydowanie przeciwstawiał się ustępstwom terytorialnym wobec zakonu i dążył do jego usunięcia z Prus.
Materialną pamiątką po biskupie Pawle jest jego okazała płyta nagrobna z kościoła św. Katarzyny w Braniewie, gdzie – jako jedyny ordynariusz warmińskim – został pochowany. Obecnie, jako jeden z niewielu ocalałych zabytków z tej prawie kompletnie zniszczonej w czasie ostatniej wojny świątyni, eksponowana jest w Wielkim Refektarzu zamku biskupów w Lidzbarku Warmińskim.

eksponowana na zamku w Lidzbarku, będąca wyjątkowym połączeniem brązu z kamieniem
(fot. KM)
Z osobą bpa Mikołaja Tungena (1478-1489 / od 1467) związana jest przede wszystkim tak zwana wojna klesza (popia) z lat 1478-1479. W przymierzu z Krzyżakami i węgierskim królem Maciejem Korwinem, wywołał ją biskup dążący do uniezależnienia Warmii od polskiego monarchy. Z kolei Kazimierz Jagiellończyk nie akceptował nieuzgodnionego z nim wyboru dokonanego przez kapitułę, ze względy na prokrzyżackie sympatie i bliską współpracę z Rzymem. Jednak po zajęciu przez wojska polskie jego dominium, biskup musiał ukorzyć się przed królem i podpisać porozumienie, które potwierdzało polską zwierzchność nad Warmią. Kapituła została zobowiązana w nim między innymi do tego, aby wybierając nowego biskupa dbała o to, by była to „osoba miła królowi”.
Osobą zdecydowanie „niemiłą królowi” Kazimierzowi IV był następca bpa Mikołaja – wywodzący się z toruńskiego patrycjatu Łukasz Watzenrode (1447-1512 / od 1489). Jego wybór, znów dokonany przez kapitułę bez uzgodnienia z polskim monarchą, psuł jego plany dotyczące przyszłości Warmii. Na tronie w Lidzbarku zamierzał bowiem osadzić swojego syna, królewicza Fryderyka, aby za jego pomocą ostatecznie wcielić księstwo do Korony.
Z czasem jednak i biskup Łukasz stał się zwolennikiem ścisłego związku Warmii z Polską i ograniczenia wpływów zakonu krzyżackiego, który proponował przenieść na Podole. Nakłaniał do tego trzech kolejnych władców z dynastii Jagiellonów, już jako ich oficjalny doradca, biskup „miły” ich majestatom.
Watzenrodebył nie tylko dobrym politykiem i dyplomatą, ale też i administratorem biskupstwa. Jako mecenas sztuki wzbogacił warmińskie kościoły o cenne wyposażenie (m.in. ufundował wspomnianą wyżej płytę nagrobną bpa P. Legendorfa), a jako protektor nauki zgromadził w Lidzbarku pokaźny księgozbiór. Przeszedł jednak do historii przede wszystkim jako wuj-protektor Mikołaja Kopernika, którego osadził we Fromborku jako kanonika kapituły warmińskiej, widząc w nim swojego sukcesora na biskupim tronie.

Schedę po biskupie Watzenrode przejął jednak nie brat Mikołaj, ale jego przyjaciel i sąsiad z fromborskiego Wzgórza Katedralnego – Fabian Luzjański (1470-1523 / od 1512). Wprawdzie kapituła po raz kolejny dokonała wyboru biskupa bez konsultacji z królem, ale ostatecznie został on przez Zygmunta Starego zaaprobowany. Jednak kanonicy musieli podpisać tzw. drugi układ piotrkowski(1512). Kapituła została zobowiązana do zawiadamiania króla o każdorazowym wakansie na tronie w Lidzbarku, a monarcha miał wysłać do Fromborka listę czterech „miłych mu” kanoników, spośród których konfratrzy mogli dokonać wyboru. Oczywiście „najmilszy” królowi kandydat znajdował się na czele listy i jego wyboru władca oczekiwał. To wzmocniło więzi Warmii z Polską.
Jako zwierzchnik diecezji biskup Fabian był skoncentrowany bardziej na sprawach politycznych niż religijnych, ale wydał m.in. brewiarz warmiński oraz dwa zarządzenia przeciw przejawom zeświecczenia kleru mające ograniczyć wpływy reformacji na biskupich poddanych.

Przyjacielem (i powinowatym) Mikołaja Kopernika był również Maurycy Ferber (1471-1537 / od 1523), którego do Fromborka przywiódł doznany w młodości zawód miłosny, a do godności biskupiej – głosy członków kapituły, którymi w owym czasie byli jego bliżsi i dalsi krewni.
Czasy jego rządów zbiegły się z zakończeniem ostatniej wojny polsko-krzyżackiej, hołdem pruskim i powstaniem Prus Książęcych – pierwszego w Europie księstwa protestanckiego. Dlatego działalność bpa Maurycego koncentrowała się z jednej strony na odbudowie gospodarki zniszczonego wojną dominium, z drugiej – walką z dynamicznie rozwijającym się w całych Prusach luteranizmem. We wrześniu 1526 roku, zgodnie z zasadą „czyja władza, tego religia”, narzucił swoim poddanym bezwzględne posłuszeństwo Kościołowi rzymskiemu. Zakazał rozpowszechniania oraz przechowywania pism luterańskich, a innowiercom odebrał prawa obywatelskie i nakazał im opuszczenie diecezji. Warmia stała się wyspą katolicyzmu w morzu protestanckich Prus Książęcych. Tak narodziła się Święta Warmia.

Jej autorem jest (najprawdopodobniej) historiograf królewski
i kanonik fromborski – Joachim Pastorius.
ROZDZIAŁ I ROZDZIAŁ III