Biskupiec jest najmłodszym z warmińskich grodów, który zachował swoją tkankę historyczną, co pozwala przenieść się w czasie, aby poznać jego historię, jak i nasycić się nieśpiesznym rytmem życia miasta należącego do międzynarodowej sieci Cittaslow.
Zanim jednak oficjalnie ulokowano Biskupiec, powstała tu strażnica, której zadaniem była ochrona nie tylko okolicznych ziem przed najazdami Litwinów, ale też traktu handlowego wiodącego z Warszawy do Królewca. Drewniano-ziemna budowla umiejscowiona była prawdopodobnie w zakolu rzeki Dymer. Powstała przy niej osada dała początek miastu, które szybko się rozwijało, ale też z racji swojego położenia często było niszczone i grabione.
Oficjalnej lokacji Biskupca dokonał 17 października 1395 roku biskup warmiński Henryk III Sorbom. Na zasadźcę, a zarazem sołtysa, wybrano Jana z Mokin, wsi znajdującej się niedaleko Barczewa. Z tych okolic pochodzili też prawdopodobnie pierwsi osadnicy. Miastu przyznano obszar 160 włók, w tym 60 czynszowych. Pozostałe, które obejmowały pastwiska i lasy, były przeznaczone do wspólnego użytkowania przez wszystkich mieszkańców. Pod miejską zabudowę przewidziano 46 sześć włók, a proboszcz na swoje utrzymanie otrzymał 4.
Parafialny kościół pw. św. Jana Chrzciciela istniał już, zanim osada otrzymała prawa miejskie. Potwierdza to, że akt lokacji był często tylko formalnym zwieńczeniem podjętych wcześniej działań osadniczych. Po założeniu miasta postawiono tu też murowany zamek biskupi, który stał się siedzibą burgrabiego. Niestety, nie dotrwał on do naszych czasów. Został doszczętnie zniszczony podczas prowadzonej w latach 1454-1466 wojny trzynastoletniej pomiędzy państwem zakonnym a Polską, i już go nie odbudowano. Dziś trudno jest nawet wskazać jego lokalizację, a nawet wygląd, gdyż na ten temat nie zachowały się żadne zapiski. O tym, że w Biskupcu, po niemiecku nazywanym Bischofsburg, taka budowla istniała, zaświadcza również miejski herb. Widnieje na nim otoczony murem zamek o spadzistym dachu, z dwiema blankowanymi wieżami. Całości dopełnia herb rodziny Henryka Sorboma i mitra biskupia.
Trudne dzieje miasta na przestrzeni wieków oraz wiarę, ofiarność i trud jego mieszkańców bardzo dobrze oddaje historia biskupieckiego kościoła. Powstały przed lokacją miasta, został już w 1414 roku spalony podczas wojny polsko-krzyżackiej zwanej wojną głodową. Ponownie miasto, kościół i zamek legły w gruzach podczas wojny trzynastoletniej. Dzięki wsparciu biskupa Łukasza Watzenrode został odbudowany na początku XVI w., jednak znów uległ zniszczeniu w czasie ostatniej wojny polsko-krzyżackiej w latach 1519–1521. Ponownie podniesioną z ruin świątynię konsekrował 26 kwietnia 1580 roku biskup warmiński Marcin Kromer. Odbudowywano i rozbudowywano ją także w kolejnych stuleciach. Po raz ostatni w latach 1948-1949, gdyż w wyniku prowadzonych tu w lutym 1945 roku walk ponad połowa miasta legła w gruzach.
Obecny biskupiecki kościół farny jest budowlą trzynawową, orientowaną. W zachodniej części do korpusu dostawiona jest murowana wieża z punktem widokowym na szczycie (można tu obejrzeć także wystawę poświęconą historii miasta). Od wschodu do bryły świątyni dobudowano prezbiterium. Gotyckie pozostałości zachowały się tylko w dolnych partiach murów i wieży. Z dawnego wyposażenia kościoła zachowały się dwa neoromańskie ołtarze boczne, kamienna chrzcielnica oraz wieczna lampka datowana na rok 1740. W ołtarzu głównym obraz przedstawiający patrona świątyni – Jana Chrzciciela udzielającego Jezusowi chrztu w Jordanie, obok figury śś. Piotra i Pawła. Przy ścianach prezbiterium ławy kolatorskie.
Po włączeniu Warmii do Królestwa Pruskiego, w wyniku I rozbioru Polski w 1772 roku, na ziemie dawnego polskiego dominium zaczęli przybywać ewangelicy, którzy w Biskupcu przy obecnej ulicy Warszawskiej wybudowali w latach 1842-1846 swoją świątynię. Autorem projektu neoromańskiej trójnawowej bazyliki emporowej był architekt Friedrich August Stüler. Strzelistą wieżę dobudowano w latach 1868-1872. Po II wojnie świątynia została wykupiona przez Kościół katolicki i wyremontowana. Stała się kościołem dla nowej parafii, erygowanej 8 grudnia 1987 roku dekretem biskupa warmińskiego Edmunda Piszcza. Otrzymała wezwanie błogosławionej Karoliny Kózkówny, młodej polskiej męczennicy, która w 1914 roku oddała życie w obronie swojego dziewictwa. Błogosławioną ogłosił ją papież Jan Paweł II podczas uroczystej Mszy Świętej w Tarnowie 10 czerwca 1987 roku. Jej wizerunek, autorstwa Stanisława Jakubczyka, umieszczono w absydzie prezbiterium. Tam też znajduje się figura Matki Boskiej Fatimskiej. Kościół jest od 1998 roku dekanalnym sanktuarium Jej poświęconym.
Swoją wiarę dawni mieszkańcy Biskupca wyrażali także stawiając przydrożne kapliczki, tak charakterystyczne dla krajobrazu Świętej Warmii. W mieście znajdują się cztery i datowane są na koniec XIX i początek XX wieku. Obecnie ustawione są przy czterech drogach wylotowych z miasta. W kapliczce znajdującej się przy drodze prowadzącej do wsi Bredynki, w umieszczonej na cokole płycinie zachował się niemiecki napis. Historia powstania tej oraz dwóch kolejnych, ustawionych przy alei Niepodległości i ulicy Ostre Koło, związana jest z zarazą, która dotknęła miasto w połowie XVIII wieku. Po jej przejściu mieszkańcy ustawili je jako dziękczynne przy dawnym trakcie prowadzącym do Reszla.
Podczas spaceru po starszej części miasta przykuwa uwagę, umieszczony na środku rynku, nietypowy pomnik. Przedstawia on znak Rodła, którego używał od 1932 roku Związek Polaków w Niemczech. Symbol ten przedstawia bieg Wisły z zaznaczonym Krakowem, a sama jego nazwa jest neologizmem powstałym z połączenia wybranych sylab ze słów rodzina/ród oraz godło. Pomnik oddaje cześć tym, którzy poświęcili się walce o polskość tych ziem i jednocześnie upamiętnia powrót Świętej Warmii po 173 latach w granice państwa polskiego.
W centrum miasta zachował się również ratusz wybudowany w roku 1895. To dwupiętrowy budynek nakryty dachem kopertowym, z wieżyczką na środku. Wysoko na jego fasadzie wyeksponowana jest płaskorzeźba z herbem miasta. Dawnego ratusza nie zajmują jednak obecne władze miejskie. Te mają swoją siedzibę w powstałym w 1908 roku zabytkowym, neoklasycystycznym budynku, w którym przed II wojną światową mieściło się starostwo. Na zewnętrznych ścianach zachowały się herby Bisztynka, Jezioran, Reszla i Biskupca – miast wchodzących w skład dawnego powiatu biskupieckiego.