Międzylesie to miejscowość oddalona o sześć kilometrów od Dobrego Miasta, przy drodze w kierunku Jezioran. Jak wskazuje jej nazwa, położona jest na rozległej, śródleśnej polanie. O tym, że w wiekach wcześniejszych również mogło tak być, mówi dawna niemiecka nazwa wsi – Schönwiese, czyli Piękna Łąka. Akt lokacyjny dla miejscowości wystawił 5 grudnia 1346 roku, rezydujący w Ornecie, ówczesny biskup warmiński Herman z Pragi. Zasadźcą był niejaki Senderus. Założenie wsi potwierdził ponownie 24 czerwca 1531 roku biskup Maurycy Ferber. Podczas ostatniej wojny polsko-krzyżackiej prowadzonej w latach 1519-1521 Dobre Miasto zostało mocno zniszczone, zapewne podobny los spotkał i okoliczne miejscowości, w tym Międzylesie.
W 1713 roku miało miejsce zdarzenie, w wyniku którego miejscowość przestała być jedną z setek mało znanych warmińskich wsi. Wtedy to mianowicie, w okresie świąt Bożego Narodzenia, kilku młodzieńców mocno piło i oddawało się rozpuście. Zabawę postanowili kontynuować również trzeciego dnia. Wybrali się na poszukiwanie jakiegoś grajka. Wracając zabrali ze sobą do karczmy wiszący na drzewie krzyż. Tam tańczyli z krucyfiksem, dawali go dziewczynom do całowania, wypowiadali przy nim słowa uznawane ogólnie za obraźliwe. W ten sposób dokonali jego zbezczeszczenia i profanacji. O całym zdarzeniu został poinformowany biskup warmiński Teodor Potocki. Młodzieńcy zostali aresztowani i postawieni przed sądem, który skazał ich na karę śmierci. Wyrok wykonano w 1715 roku w Dobrym Mieście. Według lokalnych przekazów młodzieńcy byli prowadzeni na egzekucję z Międzylesia i po drodze otrzymywali karę chłosty. W miejscach, w których upadli pod razami, postawiono trzy kapliczki, które miały potomnym przypominać o ich karygodnym czynie i być przestrogą dla innych.
To jednak nie koniec tej historii. Karę poniósł również, chociaż nie tak surową, karczmarz. To w jego gospodzie miało przecież miejsce całe zajście, a on nie zareagował i nie przerwał aktu profanacji. Musiał zapłacić 1000 grzywien kary i wybudować na własny koszt kaplicę w miejscu tego zdarzenia. Do postawionej małej kapliczki wstawiono znieważony krzyż, aby ludzie mogli się tam modlić i oddawać mu cześć.
Znaczna liczba przybywających do tego miejsca pielgrzymów skłoniła biskupa Teodora Potockiego do ufundowania kaplicy i przydzielenia jej oddzielnego kapłana. Kamień węgielny pod budowę biskup poświęcił 21 sierpnia 1722. Projekt przygotował Jan Krzysztof Reimers z Ornety, uroczyste poświęcenie kaplicy ku czci Znalezienia Krzyża Świętego odbyło się 18 czerwca 1723 roku.
Z czasem również ta świątynia okazała się zbyt mała dla pątników odwiedzających licznie to sanktuarium, szczególnie podczas obchodów uroczystości Znalezienia Krzyża Świętego w dniu 3 maja oraz 27 września – w święto Podwyższenia Krzyża Świętego. W związku z tym w latach 1752-1753 przebudowano ją i powiększono, z zachowaniem części murów poprzedniej. Do całości dostawiono w roku 1755 boczne wieżyczki. W roku 1775 wykonano mur wokół terenu kościoła oraz zespolone z nim cztery narożne kaplice, z których do czasów współczesnych dotrwały trzy. Powstały na planie kwadratu i zostały nakryte namiotowym dachem. Dawniej były połączone ze sobą drewnianym gankiem.
W tym samym roku, 3 września, uroczystej konsekracji nowej świątyni dokonał biskup Ignacy Krasicki, nadając jej wezwanie Świętego Krzyża i Matki Boskiej Bolesnej.
Kościół, już w XVIII wieku podniesiony do rangi sanktuarium, zbudowany jest w stylu barokowym, z czerwonej cegły na kamiennej podmurówce. W elewacji frontowej, oprócz drzwi wejściowych, znajdują się cztery okna. Po obu stronach fasady – wieżyczki nakryte barokowymi hełmami i zwieńczone iglicami. Szczyt przeciwny – południowy – zdobi niewielka wieżyczka, pod nią na ścianie umieszczono zegar słoneczny oraz dobudowano niewielką zakrystię. Na dziedzińcu przed kościołem znajduje się otynkowana, półkolista, barokowa kapliczka z figurą św. Heleny (obie datowane na 2. połowę XVIII wieku).
W salowym wnętrzu świątyni zwraca uwagę ołtarz główny. Został on wykonany w 1780 roku w reszelskim warsztacie Chrystiana Bernarda Schmidta. W jego centralnej części umieszczono krucyfiks datowany na 1. połowę XVIII wieku, prawdopodobnie ten sam, który został w 1713 roku w tym miejscu sprofanowany. Nad nim obraz cierpiącego Chrystusa (przedstawienie Ecce Homo), a po bokach aniołowie trzymający w dłoniach Narzędzia Męki Pańskiej (arma Christi). Powyżej w glorii (zwieńczeniu ołtarza) Oko Opatrzności. Z lewej strony ołtarza rzeźba Matki Boskiej, a z prawej św. Jana Ewangelisty. W dwóch ołtarzach bocznych obrazy przedstawiające Michała Archanioła i Matkę Boską Bolesną. Część prezbiterialną od nawy głównej oddziela drewniana balustrada wykonana przez stolarza Arendta w 1756 roku.
Na zabytkowe wyposażenie świątyni składa się również klasycystyczna ambona z baldachimem i stającą na nim figurą Mojżesza z tablicami Dekalogu oraz empora nad głównym wejściem z prospektem organowym.
Zachowane oryginalne wyposażenie Sanktuarium Męki Pańskiej w Międzylesiu zachęca do odwiedzin. Historia jego powstania pokazuje zaś, jak ważna dla ówczesnych mieszkańców Warmii była wiara i szacunek dla niej. Pielgrzymowano tutaj aż do czasów II wojny światowej nie tylko z pobliskiego Orzechowa, Jesionowa czy Kabikiejm, ale również z Kwiecewa, Sętala oraz Jonkowa. Dzisiaj także można wybrać się tym śladem – pieszo, na rowerze lub samochodem. Przystając zaś podczas tych wycieczek na chwilę modlitwy bądź zadumy przed przydrożnymi kapliczkami, krzyżami czy w cieniu drzew wokół starych kościołów, nacieszyć oczy pięknem przyrody i licznymi zabytkami Świętej Warmii.